La ocupación humana en el actual término municipal de Baena se remonta al Paleolítico. Sin embargo, no será hasta la Edad de los Metales cuando el territorio se ocupe de manera estable por comunidades cuyo modo de vida se basó en la agricultura cerealística y en la ganadería, surgiendo además la práctica de la metalurgia.

Con la llegada de los influjos coloniales del Mediterráneo Oriental (fenicios y griegos), la población crece notablemente, surgen grandes núcleos habitados protegidos por fuertes murallas, como los de Torreparedones, cerro de los Molinillos o cerro del Minguillar. Estos enclaves alcanzarán un gran desarrollo durante la etapa ibera, erigiendo notables monumentos decorados con esculturas zoomorfas.

La teoría más extendida es que el topónimo de Baena procede del árabe Bayyana que, a su vez, derivaría del nombre latino Baius, posible propietario de alguna importante villa romana de la zona que debió pervivir hasta la época visigoda, siendo los invasores árabes-beréberes quienes en el siglo VIII la escogerían por su valor estratégico, fortificándola y dando origen a la primitiva ciudad musulmana. No obstante, las primeras noticias de esta etapa histórica no las tendríamos hasta finales del siglo IX cuando es atacada por el caudillo muladí Omar ben Hafsún, quien se apoderó del lugar en el año 890. Poco después, hacia el 929, se convierte en la capital de la cora (demarcación territorial musulmana) de Cabra. De la primitiva alcazaba apenas quedan restos emergentes, datándose las partes más antiguas que hoy se observan en el siglo XIV. Existen importantes tramos de muralla con algunas torres y puertas del recinto de la Almedina, destacando entre ellas el Arco Oscuro y el Arco de la Consolación, ambos de reminiscencias almohades.

A la caída del Califato de Córdoba fue brutalmente saqueada por los beréberes que huían hacia el Sur, interrumpiendo así su creciente prosperidad. Finalmente, y mediante pacto de rendición, los musulmanes entregarían la villa a Fernando III en la campaña que el rey castellano llevó a cabo entre 1240 y 1241.

Su situación fronteriza con el emirato de Granada le ocasionó múltiples conflictos. Así, en el año 1300, Muhammad II la sitió y se hizo con el control de sus arrabales aunque la resistencia de los cristianos impidió su conquista completa. Esta situación se repitió en 1330 con idénticos resultados. Unos años antes, en 1319 se había firmado en la ciudad la conocida como Paz de Baena entre los reinos de Castilla y Granada, lo que viene a demostrar la importancia que seguía manteniendo durante este periodo.

El primer intento de someter a la villa al poder señorial fue en el año 1369. Este favor lo otorgó el rey Enrique II a Diego García de Toledo, pero el rechazo del pueblo provocó que esta orden quedara sin efecto. En 1386, ya con Juan I como rey de Castilla, se le concedió esta merced al mariscal Diego Fernández de Córdoba que tuvo que imponerse ante la insumisión del pueblo en 1394. No sería, sin embargo, hasta 1401 cuando obtuvo definitivamente la concesión del señorío, por parte de Enrique III.

Los señores de Baena recibieron el ducado del mismo nombre en el primer cuarto del siglo XVI, con ocasión del matrimonio entre Luis Fernández de Córdoba, conde de Cabra y señor de Baena, y Elvira Fernández de Córdoba, duquesa de Sessa, llevando a cabo un mecenazgo sobre la villa que dio lugar a la construcción de sus más importantes monumentos.

La Edad Moderna supuso para la localidad un notable crecimiento urbano y la consolidación del modelo agrario como base de su economía.  

En el último cuarto del siglo XX el casco urbano de Baena se desarrolló de manera notable, llegando a duplicar prácticamente su extensión y construyéndose varios polígonos industriales en los que hoy se encuentran instaladas pequeñas empresas que prestan sus servicios a la localidad junto a otras que exportan sus productos a numerosos países del mundo.