L’occupation humaine de l’actuelle commune de Baena remonte au paléolithique. Cependant, il faudra attendre l’âge des métaux pour que le territoire soit occupé de manière stable par des communautés dont le mode de vie était basé sur l’agriculture céréalière et l’élevage, faisant également émerger la pratique de la métallurgie.

Avec l’arrivée des influences coloniales de la Méditerranée orientale (Phéniciens et Grecs), la population a considérablement augmenté, de grands noyaux habités ont émergé protégés par de fortes murailles, comme celles de Torreparedones, Cerro de los Molinillos ou Cerro del Minguillar. Ces enclaves connaîtront un grand développement au cours de l’étape ibérique, érigeant des monuments remarquables ornés de sculptures zoomorphes.

La théorie la plus répandue est que le toponyme de Baena vient de l’arabe Bayyana qui, à son tour, dériverait du nom latin Baius, possible propriétaire d’une importante villa romaine de la région qui a dû survivre jusqu’à l’époque wisigothique, avec le Les envahisseurs arabo-berbères qui au VIIIe siècle la choisiront pour sa valeur stratégique, la fortifieront et donneront naissance à la ville musulmane primitive. Cependant,,Les premières nouvelles de cette étape historique ne seraient reçues qu’à la fin du IXe siècle, lorsqu’elle fut attaquée par le chef Muladí Omar ben Hafsún, qui s’empara de l’endroit en l’an 890. Peu de temps après, vers 929, elle devint la capitale de la cora (démarcation territoriale musulmane) de Cabra. De la citadelle primitive, il n’y a pratiquement pas de vestiges émergents, datant des parties les plus anciennes que l’on peut voir aujourd’hui au XIVe siècle. Il y a d’importants pans de murs avec des tours et des portes de l’enceinte d’Almedina, mettant en évidence parmi eux l’Arc Sombre et l’Arc de Consolation, tous deux de réminiscences almohades.

A la chute du Califat de Cordoue, elle fut brutalement pillée par les Berbères qui s’enfuirent vers le Sud, interrompant ainsi sa prospérité grandissante. Enfin, et au moyen d’un accord de capitulation, les musulmans remettront la ville à Fernando III lors de la campagne que le roi castillan mena entre 1240 et 1241.

Sa situation frontalière avec l’émirat de Grenade provoqua de multiples conflits. Ainsi, en l’an 1300, Muhammad II l’assiégea et prit le contrôle de ses faubourgs, bien que la résistance des chrétiens empêcha sa conquête complète. Cette situation a été répétée en 1330 avec des résultats identiques. Quelques années plus tôt, en 1319, la soi-disant paix de Baena avait été signée dans la ville entre les royaumes de Castille et de Grenade, ce qui montre l’importance qu’elle a continué à conserver pendant cette période.

La première tentative de soumission de la ville au pouvoir seigneurial remonte à l’année 1369. Cette faveur a été accordée par le roi Enrique II à Diego García de Toledo, mais le rejet du peuple a rendu cet ordre inefficace. En 1386, avec Juan I comme roi de Castille, cette faveur fut accordée au maréchal Diego Fernández de Córdoba, qui dut l’emporter sur le refus du peuple en 1394. Ce ne sera cependant qu’en 1401 qu’il obtiendra définitivement la concession de la seigneurie, par Enrique III.

Les seigneurs de Baena ont reçu le duché du même nom dans le premier quart du XVIe siècle, à l’occasion du mariage entre Luis Fernández de Córdoba, comte de Cabra et seigneur de Baena, et Elvira Fernández de Córdoba, duchesse de Sessa, réalisant un mécénat de la ville qui a conduit à la construction de ses monuments les plus importants.

L’âge moderne a signifié une croissance urbaine notable pour la ville et la consolidation du modèle agraire comme base de son économie.  

Dans le dernier quart du XXe siècle, le centre urbain de Baena s’est remarquablement développé, doublant pratiquement sa taille et construisant plusieurs zones industrielles dans lesquelles sont désormais installées de petites entreprises qui fournissent leurs services à la ville, ainsi que d’autres qui exportent ses produits vers de nombreux pays du monde entier.