Las distintas iglesias de Baena y de manera particular las que son sedes canónicas de centenarias cofradías, albergan un conjunto artístico de singular relevancia donde tienen un lugar destacado las imágenes pertenecientes a las cofradías de Semana Santa. De este modo, en la conventual de San Francisco son notables las tallas del Cristo de los Azotes y del Ecce Homo (conocido popularmente como Jesús de la Ventana), a las que se vincula con el taller de José de Mora, y la de Jesús Nazareno, obra realizada por el escultor sevillano Miguel de Perea en el primer tercio del siglo XVIII. Destacan también la Dolorosa de esta cofradía y la de Nuestro Padre Jesús del Huerto y San Diego, ambas realizadas en la centuria del 1700. La imágenes que dan titularidad a esta última cofradía y la de San Juan perteneciente a la del Nazareno son también otras destacables obras del barroco que acrecientan el patrimonio de este templo declarado Monumento de Interés Histórico Artístico en 1983. Por su parte, en la iglesia parroquial de Nuestra Señora de Guadalupe se veneran las imágenes que procesionan las cofradías del Dulce Nombre de Jesús, Santo Cristo del Calvario y Soledad de María Santísima y las pertenecientes a la Real Archicofradía del Santo Cristo Resucitado y María Santísima del Rosario. En la primera destacan el Cristo de la Sangre, sublime obra relacionada con el escultor manierista Pablo de Rojas, la de San Juan (del taller de Pedro de Mena) y la de Nuestra Señora de la Soledad, atribuida a las gubias de Pedro de Mena y José de Mora. Mención aparte merece la imagen del Cristo del Calvario, obra del siglo XVI perteneciente también a esta cofradía y la de la Virgen del Rosario, cotitular de la archicofradía del Domingo de Resurrección. 

Finalmente, en la iglesia parroquial de Santa María la Mayor se venera el Santísimo Cristo del Perdón, titular de la cofradía del Silencio. Se trata de una de las imágenes más antiguas de la localidad, siendo su estética renacentista aunque con reminiscencias tardogóticas que la situarían entre finales del siglo XV y principios de la siguiente centuria.