L’occupazione umana nell’attuale comune di Baena risale al Paleolitico. Tuttavia, non sarà fino all’età dei metalli quando il territorio sarà occupato in maniera stabile da comunità il cui stile di vita era basato sull’agricoltura cerealicola e sull’allevamento, emergendo anche la pratica della metallurgia.

Con l’arrivo delle influenze coloniali del Mediterraneo orientale (Fenici e Greci) la popolazione crebbe notevolmente, emersero grandi nuclei abitati protetti da robuste mura, come quelle di Torreparedones, Cerro de los Molinillos o Cerro del Minguillar. Queste enclavi raggiungeranno un grande sviluppo durante la fase iberica, erigendo notevoli monumenti decorati con sculture zoomorfe.

La teoria più diffusa è che il toponimo di Baena derivi dall’arabo Bayyana che, a sua volta, deriverebbe dal nome latino Baius, possibile proprietario di qualche importante villa romana della zona che doveva essere sopravvissuta fino all’era visigota, con il Invasori arabo-berberi che nell’VIII secolo la sceglieranno per il suo valore strategico, fortificandola e dando origine alla primitiva città musulmana. Tuttavia,Le prime notizie di questa fase storica non sarebbero pervenute fino alla fine del IX secolo, quando fu attaccata dal leader Muladí Omar ben Hafsún, che si impadronì del luogo nell’anno 890. Poco dopo, intorno al 929, divenne la capitale della cora (demarcazione territoriale musulmana) di Cabra. Della primitiva cittadella non si hanno quasi resti emerse, datando le parti più antiche che si possono vedere oggi nel XIV secolo. Ci sono importanti tratti di mura con alcune torri e porte del recinto dell’Almedina, evidenziando tra loro l’Arco Oscuro e l’Arco della Consolazione, entrambi di reminiscenze almohadi.

Alla caduta del Califfato di Córdoba, fu brutalmente saccheggiata dai berberi che fuggirono a sud, interrompendo così la sua crescente prosperità. Infine, e per mezzo di un accordo di resa, i musulmani avrebbero consegnato la città a Fernando III nella campagna che il re castigliano condusse tra il 1240 e il 1241.

La sua situazione di confine con l’emirato di Granada ha causato molteplici conflitti. Così, nell’anno 1300, Maometto II la assediò e prese il controllo dei suoi sobborghi, sebbene la resistenza dei cristiani ne impedisse la completa conquista. Questa situazione si ripeté nel 1330 con risultati identici. Pochi anni prima, nel 1319, nella città tra i regni di Castiglia e Granada era stata firmata la cosiddetta Pace di Baena, a dimostrazione dell’importanza che continuò a mantenere in questo periodo.

Il primo tentativo di sottoporre la città al potere signorile risale all’anno 1369. Questo favore fu concesso dal re Enrico II a Diego García de Toledo, ma il rifiuto del popolo rese inefficace questo ordine. Nel 1386, con Juan I come re di Castiglia, questo favore fu concesso al maresciallo Diego Fernández de Córdoba, che nel 1394 dovette prevalere sul rifiuto del popolo. Non sarebbe, però, fino al 1401 quando ottenne definitivamente la concessione della signoria, da Enrico III.

I signori di Baena ricevettero l’omonimo ducato nel primo quarto del XVI secolo, in occasione del matrimonio tra Luis Fernández de Córdoba, conte di Cabra e signore di Baena, ed Elvira Fernández de Córdoba, duchessa di Sessa, svolgendo un mecenatismo del paese che portò alla costruzione dei suoi monumenti più importanti.

L’età moderna significò per la città una notevole crescita urbanistica e il consolidamento del modello agrario come base della sua economia.  

Nell’ultimo quarto del ‘900 il centro urbano di Baena si sviluppò notevolmente, praticamente raddoppiando le sue dimensioni e costruendo diversi insediamenti industriali in cui oggi sono insediate piccole aziende che forniscono i propri servizi alla città, insieme ad altre che ne esportano i prodotti in molti paesi del mondo.