La caída del reino de Granada, último bastión musulmán en la península, propició un cambio de hábitos en una nobleza que ya no demostraría su prestigio a través del ejercicio de las armas sino como grandes mecenas que, a través del arte, perpetuarían su memoria en las poblaciones vinculadas a sus títulos. Los señores de Baena, duques desde 1566, desarrollarán una intensa labor tanto en la adaptación palaciega de su antiguo castillo, como en la capilla mayor de Santa María y, de manera muy especial, en el monasterio de Madre de Dios, fundado por el tercer conde de Cabra a principios de la centuria. 

Aunque de la arquitectura civil de esta época apenas se han conservado algunos vestigios, dentro del arte sacro sí que podemos apreciar una nutrida muestra entre la que destaca el espléndido retablo mayor de la iglesia conventual de las dominicas. Obra importada de Italia, preside el ábside del templo en el que destaca además un gran manifestador de bronce y lapislázuli y una interesante colección de pinturas entre las que se encuentran dos lienzos manieristas salidos del taller de Jacopo Bassano. El retablo de las reliquias, la sillería del coro y la reja de la capilla mayor de esta misma iglesia; la reja de la capilla del conde de Cabra, el retablo de yesería del Sagrario y la portada, también plateresca, del antiguo archivo, en Santa María la Mayor, así como la colección de rejas de las iglesias de San Bartolomé y Nuestra Señora de Guadalupe, forman parte de este espléndido conjunto artístico.